Historicamente, a área geográfica do Parque Estadual dos Três Picos (PETP) e da Área de Proteção Ambiental Macaé de Cima (APAMC) se caracteriza por ter uma forte intervenção antrópica, o que causou danos muitas vezes irreversíveis ao ecossistema ai predominante: a Mata Atlântica.

     O Parque Estadual dos Três Picos/PETP (466 km2) foi criado em 2002 (Decreto Estadual 31.343) como uma unidade de proteção integral visando “ preservar a natureza, sendo admitido apenas o uso indireto dos seus recursos naturais...” (SNUC, art 7). É o maior parque estadual, de grande interesse ecológico por ter espécies raras e endêmicas além de estar protegendo nascentes de corpos hídricos de importância para toda a região da bacia da Baía de Guanabara.

     Por ser uma unidade de proteção integral, a questão central é a preservação dos remanescentes de Mata Atlântica e a recuperação de áreas degradadas. As atividades permitidas em sua área são aquelas previstas no SNUC: educação, recreação e pesquisa científica quando compatíveis com os seus objetivos. Com a sua criação, fica instituída uma área chamada de zona de amortecimento, onde já existem atividades humanas.

     Com a implantação desta política, o uso de recursos naturais por práticas agrícolas é vetado dentro de sua área e, na zona de amortecimento, essas atividades estão sujeitas as restrições estabelecidas em seu plano de manejo. É na discussão sobre o plano que a participação das comunidades locais se dá e isso através do seu Conselho Consultivo.

     O PETP tem, portanto, um papel crucial na política sócio-ambiental, onde, de um lado, se tem a Mata Atlântica com toda a sua biodiversidade; e de outro, a pressão antrópica considerável, por conta da atividade agrícola, voltada para a produção de hortifrutigranjeiros em função da proximidade capital do estado, da industrialização do estado, do crescimento de sua população, e do necessário aumento da malha urbana entre vários outros problemas que impactam, por vezes de maneira irreversível, esse bioma.

   A região de Macaé de Cima constitui testemunho de uma das floras mais ricas da Mata Atlântica e é considerada prioridade para fins de conservação. A região foi explorada por naturalistas estrangeiros, cujas coleções botânicas encontram-se, em sua maioria, depositadas em vários herbários estrangeiros. O Jardim Botânico do Rio de Janeiro, através do Programa Mata Atlântica desenvolveu, por quase uma década, um intensivo projeto de estudos que permitiu acrescentar em 80% ao número de espécies registradas em coleções pretéritas e redescobrir espécies consideradas extintas. Além disso, 8% das espécies registradas para a área são endêmicas.

     A Área de Proteção Ambiental de Macaé de Cima (7.000 ha) é uma unidade de uso sustentável , buscando compatibilizar a conservação da natureza numa área de uso intenso de seus recursos . Ela foi criada em 2002 com base na já existente “Reserva Ecológica de Macaé de Cima” (de1990) por pressão de pesquisadores-botânicos do Jardim Botânico do Rio de Janeiro. Juntamente com o Parque Estadual dos Três Picos, a APA de Macaé de Cima tem um papel fundamental para a conservação deste bioma, por possibilitar a ligação de unidades de conservação previamente existentes, garantindo assim o corredor ecológico e o mosaico no estado do Rio de Janeiro.

     Criada em 1974, Reserva Biológica de Poço das Antas (Rebio) destaca-se por preservar um fragmento de floresta típica À Floresta Ombrófila Densa submontana, em diferentes estados de maturidade e por abrigar espécies de flora e fauna ameaçados de extinção, como o mico-leão-dourado (Leonthopithecus rosalia, Linnaeus, 1758), espécie endêmica desta região.

     A Rebio, com ca. 5.000 hectares, encontra-se sob influência direta da bacia hidrográfica do rio São João, que a inunda parcialmente, facultando o aparecimento de espécies típicas como o pau-tamanco (Tabebuia cassinoides (Lam.) DC.) e o guanandí (Calophyllum brasiliense Cambess.). Apresenta hoje uma paisagem bastante empobrecida devido à ação antrópica, principalmente decorrente da extração de madeira, da ação do fogo – prática comumente usada na preparação do solo para plantios – e das drenagem artificial e retificação dos rios.

     No entorno da Reserva encontram-se três assentamentos: Gleba Aldeia Velha, Cambucaes e, mais recentemente, Sebastião Lan. As comunidades rurais têm origens distintas: nas duas primeiras residem antigos trabalhadores de fazendas locais que foram desapropriadas por ocasião de estabelecimento da Reserva. Na terceira, por sua vez, residem trabalhadores – integrantes do MST - que migraram das áreas canavieiras, principalmente da região norte fluminense.