A UFRRJ tem suas origens em 20 de outubro de 1910 com a criação da Escola Superior de Agronomia e Medicina Veterinária (ESAMV), cujo primeiro diretor foi o engenheiro agrônomo Gustavo Dutra.
A sede foi instalada, em 1911, no palácio do Duque de Saxe, onde hoje está o CEFET/MEC, no Maracanã, Rio de Janeiro. Como o local necessitava de obras, a inauguração oficial foi em 1913 tendo funcionado por dois anos com seu campo de experimentação e prática agrícola em Deodoro.
Em março de 1916 a instituição fundiu-se à Escola Agrícola da Bahia e à Escola Média Teórica-Prática de Pinheiro, onde hoje estão instalados o Campus de Pinheiral da UFF e a Escola Agrícola Nilo Peçanha. Em 1918, a Escola foi transferida para a Alameda São Boaventura, em Niterói e nove anos depois a Escola mudou-se para a Praia Vermelha, no Rio de Janeiro. Em 1934, a ESAMV teve seus cursos desmembrados em duas grandes escolas: Escola Nacional de Agronomia (ENA) e Escola Nacional de Veterinária.
A Escola Nacional de Agronomia subordinada à extinta Diretoria do Ensino Agrícola, do Departamento Nacional de Produção Vegetal e a Escola Nacional de Veterinária, ao Departamento Nacional de Produção Animal, do Ministério de Agricultura,tornaram-se estabelecimentos-padrão para o ensino agronômico e de medicina veterinária do País. Nesse ano, formaram-se 12 Engenheiros Agrônomos e 16 Médicos Veterinários.
A Portaria Ministerial de 14 de novembro de 1936 tornou as Escolas independentes, com a aprovação de seus próprios regimentos. Somente em 1938, o Decreto-Lei 982 reverteu a situação – a Escola Nacional de Agronomia passou a integrar o Centro Nacional de Ensino e Pesquisas Agronômicas (CNEPA) e a Escola Nacional de Veterinária passou a subordinar-se diretamente ao Ministro do Estado.
A Universidade Rural nasce em 1943 quando foi reorganizado o O CNEPA que, na época abrangia a Escola Nacional de Agronomia, a Escola Nacional de Veterinária, Cursos de Aperfeiçoamento e Especialização, Cursos de Extensão, Serviço Escolar e Serviço de Desportos. Com os Cursos de Aperfeiçoamento e Especialização, iniciava-se um programa de pós-graduação para áreas específicas dos currículos de Agronomia e Veterinária. Um ano depois, o novo regimento do CNEPA unificou os novos cursos de Aperfeiçoamento, Especialização e Extensão, além de criar o Conselho Universitário, à semelhança do atual existente.
A Universidade, além de consolidar os novos cursos e serviços criados, tomava as providências para, em 1948, transferir o seu campus para as margens da Antiga Rodovia Rio - São Paulo, hoje BR-465.
Somente em 1963, pelo Decreto 1.984, a Universidade Rural passou a denominar-se Universidade Rural do Brasil, envolvendo a Escola Nacional de Agronomia, a Escola Nacional de Veterinária, as Escolas de Engenharia Florestal, Educação Técnica e Educação Familiar, além dos cursos técnicos de nível médio dos Colégios Técnicos de Economia Doméstica e Agrícola “Ildefonso Simões Lopes”.
A atual denominação – Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro surgiu em maio de 1967 quando os órgãos de ensino do Ministério da Agricultura foram transferidos para o Ministério da Educação e Cultura, estabelecendo nova denominação para as universidades transferidas. É o que dispõe o artigo 2º desse decreto: “As Universidades Rurais do Sul, do Brasil e de Pernambuco passam a denominar-se, respectivamente, Universidade Federal Rural do Rio Grande do Sul (UFRRGS), Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ) e Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE)”. A UFRRJ, uma autarquia desde 1968, passou a atuar com uma estrutura mais flexível, para acompanhar a Reforma Universitária que se implantava no País. Com a aprovação de seu Estatuto, em 1970, a Universidade vem ampliando suas áreas de Ensino, Pesquisa e Extensão, tendo, em 1972, iniciado o sistema de cursos em regime de créditos.
A UFRRJ, ao longo de sua história, teve algumas atividades desenvolvidas em campi distantes da sede, localizada em Seropédica. Foi assim com a experiência com o campus avançado de Macapá, no então território do Amapá, nas décadas de 70 e 80, onde foram desenvolvidas atividades de extensão e oferecidos cursos de graduação. Com a elevação do território a estado da federação e a criação da Universidade Federal do Amapá, o campus foi incorporado a esta.
No final dos anos 90, uma experiência de expansão associada a convênios com municipalidades levou a UFRRJ a oferecer turmas fora de sede em Paracambi, Três Rios, Quatis, Nova Iguaçu e Volta Redonda. Esta experiência teve curta duração por ser marcadamente instável e não sustentável, carecendo de uma política institucional que garantisse a qualidade do ensino indissociada da pesquisa e extensão. A centenária UFRRJ hoje é uma universidade multicampi, com sedes nos municípios de Seropédica, Nova Iguaçu, Três Rios, Campos de Goytacazes e na cidade do Rio de Janeiro.
