A UFRRJ, ao longo de sua história, teve algumas atividades desenvolvidas em campi distantes da sede, localizada em Seropédica. Foi assim com a experiência com o campus avançado de Macapá, no então território do Amapá, nas décadas de 70 e 80, onde foram desenvolvidas atividades de extensão e oferecidos cursos de graduação. Com a elevação do território a estado da federação e a criação da Universidade Federal do Amapá, o campus foi incorporado a esta.
No final dos anos 90, uma experiência de expansão associada a convênios com municipalidades levou a UFRRJ a oferecer turmas fora de sede em Paracambi, Três Rios, Quatis, Nova Iguaçu e Volta Redonda. Esta experiência teve curta duração por ser marcadamente instável e não sustentável, carecendo de uma política institucional que garantisse a qualidade do ensino indissociada da pesquisa e extensão. A centenária UFRRJ hoje é uma universidade multicampi, com sedes nos municípios de Seropédica, Nova Iguaçu, Três Rios, Campos de Goytacazes e na cidade do Rio de Janeiro.
Campus Seropédica
A UFRRJ tem um campus-sede localizado no Município de Seropédica, RJ, às margens da BR 465 - Km 07 (Antiga Rodovia Rio-São Paulo ou simplesmente “quilômetro 47”). Assim ficou conhecido o seu endereço por ali localizar-se o prédio da Administração Central. Em Seropédica são oferecidas 2535 vagas anuais em 40 cursos de graduação. A Universidade ocupa uma área de 3.439,60 hectares, dos quais, 212.833,43 m² compreendem espaços construídos. Localizada a cerca de 80 km do centro da cidade do Rio de Janeiro, o campus universitário pode ser alcançado em pouco mais de uma hora, mediante diversas vias de acesso.
Campus Nova Iguaçu
Em 2005, a UFRRJ entrou na primeira etapa do Programa de Expansão do Governo Federal, criando a unidade de Nova Iguaçu, o Instituto Multidisciplinar (IM) mediante deliberação do CONSU datada de 20/07/2005. Em 17 de abril de 2006, ocorreu a primeira aula inaugural do novo campus, recepcionando os primeiros 250 estudantes matriculados seis primeiros cursos de graduação. Neste campus, a UFRRJ oferece 745 vagas anuais para estudantes em 11 cursos de graduação presenciais, um a distância, três cursos de especialização, contribui para o funcionamento de dois mestrados, possui inúmeros projetos de pesquisa e extensão, dois grupos temáticos de Educação Tutorial (PET), conquistados em edital de 2010, contando com 203 professores e 85 técnico-administrativos. Inicialmente, o IM funcionou na Escola Municipal Monteiro Lobato, apenas no período noturno, enquanto ocorria a licitação e se iniciavam as obras do novo campus. Com o crescimento do número de alunos e turmas, um novo prédio foi alugado, em 2008, e outro em 2009. O IM ocupou seu campus definitivo em abril de 2010, localizado em uma área de 44 mil metros quadrados localizada na Avenida Governador Roberto Silveira, ao lado do antigo Aero-Clube do município.
Campus Três Rios
A história da Rural em Três Rios teve início em 1998, com a instalação, no Colégio Entre Rios, dos cursos de Administração e Ciências Econômicas, que funcionavam como turmas fora de sede, ligadas ao Instituto de Ciências Humanas e Sociais, em Seropédica. Por algum tempo, funcionou no Colégio Entre Rios, mudando-se depois para o Colégio Ruy Barbosa, de onde foi transferida para o Colégio Walter Franklin. Em 2007, voltou para o Colégio Ruy Barbosa onde permanece até a inauguração de sede própria.
A federalização da UFRRJ em Três Rios, sonho dos alunos que se organizaram em um grupo para sua reivindicação – Grupo de Apoio à Futura Federalização da Universidade (GAFFU) –, tornou-se realidade com a criação da Unidade Acadêmica de Três Rios através do Projeto de Expansão do Governo Federal, em 2007. Em 2009, a UFRRJ implantou em Três Rios o curso de Direito e em 2010 o curso de Gestão Ambiental.
Depois de 11 anos, as turmas fora de sede se tornaram um Instituto da UFRRJ, o Instituto Três Rios, o décimo primeiro da UFRRJ. O que se observa hoje é uma integração bastante ampla entre a cidade e a Universidade. Paralelo ao desenvolvimento econômico de Três Rios se verifica o crescimento do número de alunos vindos de fora da região, fato que está fazendo da cidade um pólo de vida universitária. A Unidade conta com 66 professores e 21 técnico-administrativos contratados por concurso público em 2010, oferecendo 190 vagas anuais para ingresso em 04 cursos de graduação.
Em 2010, o recém-criado Instituto conquistou o seu primeiro grupo de Educação Tutorial (PET), financiado pelo MEC com 12 bolsas para estudantes dos quatro cursos.
Campus Experimental Dr. Leonel Miranda
O Campus Experimental Leonel Miranda, situado no município de Campos dos Goytacazes, é vinculado à UFRRJ e tem sido uma experiência bem sucedida em pesquisa e extensão.
Criado em 1991 após a extinção da estação experimental do antigo Programa Nacional de Melhoramento da Cana-de-açúcar (PLANALSUCAR), o campus desenvolve estudos com a finalidade de auxiliar o desenvolvimento da produção canavieira nacional.