O PPGCAF conta com laboratórios que dão apoio às atividades de ensino, pesquisa e extensão envolvendo docentes e discentes de pós-graduação e graduação.

- Laboratório de Ecologia da Conservação

- Laboratório de Ecologia Florestal e Biologia Vegetal – LEFBV

- Laboratório de Ecologia de Peixes

- Laboratório de Ecologia Vegetal

- Laboratório de Pesquisas e Estudos em Reflorestamentos – LAPER

- Viveiro "Luiz Fernando Oliveira Capellão" 

- Laboratório de Manejo de Bacias Hidrográficas – LMBH

- Laboratório de Gestão Ambiental

- Laboratório de Entomologia Florestal

- Laboratório de Anatomia e Qualidade da Madeira

- Laboratório de Tecnologia da Madeira

- Laboratório de Biotecnologia da Madeira

- Laboratório de Química da Madeira

- Laboratório de Painéis de Madeira

- Laboratório de Física e Secagem da Madeira

- Núcleo de Pesquisa em Qualidade da Madeira

- Laboratório de Ensaios Físico-mecânicos da Madeira

- Laboratório de Preservação e Biodegradação da Madeira

- Laboratório de Sensoriamento Remoto Ambiental e Climatologia Aplicada – LSRACA

- Laboratório de Biologia Reprodutiva e Tecnologia de Sementes