O PPGCAF conta com laboratórios que dão apoio às atividades de ensino, pesquisa e extensão envolvendo docentes e discentes de pós-graduação e graduação.
- Laboratório de Ecologia da Conservação
- Laboratório de Ecologia Florestal e Biologia Vegetal – LEFBV
- Laboratório de Ecologia de Peixes
- Laboratório de Ecologia Vegetal
- Laboratório de Pesquisas e Estudos em Reflorestamentos – LAPER
- Viveiro "Luiz Fernando Oliveira Capellão"
- Laboratório de Manejo de Bacias Hidrográficas – LMBH
- Laboratório de Gestão Ambiental
- Laboratório de Entomologia Florestal
- Laboratório de Anatomia e Qualidade da Madeira
- Laboratório de Tecnologia da Madeira
- Laboratório de Biotecnologia da Madeira
- Laboratório de Química da Madeira
- Laboratório de Painéis de Madeira
- Laboratório de Física e Secagem da Madeira
- Núcleo de Pesquisa em Qualidade da Madeira
- Laboratório de Ensaios Físico-mecânicos da Madeira
- Laboratório de Preservação e Biodegradação da Madeira
- Laboratório de Sensoriamento Remoto Ambiental e Climatologia Aplicada – LSRACA
- Laboratório de Biologia Reprodutiva e Tecnologia de Sementes